beautyleg 白丝 【特稿】分子生物学含糊进化假说（下） | 透视进化论 | 达尔文 | 演化 | 大纪元
【大纪元2023年07月21日讯】（接前文）本章目次：beautyleg 白丝
第三章 分子生物学含糊进化假说 一、神奇的东谈主体 1.1 东谈主体健康的守护神 1.2 东谈主体中央信息处理系统 1.3 精妙复杂的东谈主体细胞 二、充满神秘的DNA 2.1 “双螺旋”与“超螺旋” 2.2 生物学的中心法例 2.3 “鸡”与“蛋”的难题 2.4 无与伦比的存储上风 2.5 DNA之复杂令进化假说瘫痪 三、与“进化”以火去蛾中的基因 3.1 基因盘考不复旧“物种进化” 3.2“中性突变”动摇“天然采纳” 3.3“定向突变”挑战“当场突变” 3.4“进化论是惟一的框，什么都必须往里装” 四、“系统进化树”的致命劣势 4.1 发慈祥变异 4.2 想象的“节点” 4.3 捏造的“目次” 4.4 拓扑学造作 五、自我矛盾的“系统进化树” 5.1 不同基因，不同收尾 5.2 纷乱的“家支”辈分 5.3 “以不变应万变”的糊口伎俩 六、格格不入的“分子钟” 七、基因的未解之谜 7.1 基因里的“黑匣子” 7.2 蕨类植物撼动进化树 八、含糊进化假说的十三个重点 九、千名科学家质疑“20世纪最大的迷信” 十、为什么进化假说一直接续于今？
咱们在前边的章节通过列举科学事实，照旧从十二个方面论证了原版的达尔文“进化论”假说是不成成立的。第一，以偏概全；第二，沾污看法；第三，验证失败；第四，违反天然规则；第五，东谈主不是山公变的；第六，不是“逐渐演化”而是“倏得爆发”；第七，不是“天然采纳”而是“特意设想”；第八，看似“结构退化”其实“大有效处”；第九，不是“狞恶竞争”而是“共生互惠”；第十，不是“科学事实”而是“骗取作秀”；第十一，生命的复杂高效径直含糊“进化”；第十二，与“进化”以火去蛾中的基因。
“进化论”是一个莫得任何根据的假说，却被自后好多复旧者赞美，束缚地给其表面体系富余进去新的内容，即使自后东谈主们探索到的与“进化论”以火去蛾中的科学发现，也都被放到“进化论”的“大框”内部，让东谈主无法再有任何契机反对“进化论”。
在本系列著作的第三章的《中》篇里，咱们列举了无边遗传基因学盘考含糊物种进化的例子。在第三章的《下》篇里，咱们再不绝列举一个被“进化论”体系利用的器具──“系统进化树”。
大多数中国东谈主都知谈家支或族谱。若是你想纪念你的家眷的发慈祥变化，你不错建立一个家支，将你的先人和后代连结在整个。
生物学边界由于受到达尔文“物种演化”造作不雅念的影响，东谈主们发明了一个“系统进化树”。与系统发生树的看法近似，试图假设不同物种之间的演化亲缘关系，近似于东谈主类家支中各个成员之间的支属关系。
在这个“系统进化树”中，每个物种就像是家眷中的一个成员，而分支和连结的线条则暗意演化中的不合和共同先人。你不错纪念某个物种的先人、它与其它物种的关系以及它的后代，就像你在族谱中找到你的先人和伯仲姐妹的信息一样。
东谈主的确有家眷渊源关系，可“系统进化树”是莫得根据的想象之树。树上的“节点”是想象的，不同生物物种之间的亲缘关系是想象的。所谓的“大树”是一个根底就不存在的“想象之树”。盘考系统进化树的科学家遭受的费事重重：到底选哪个基因？相似的数据，用不同的方法去分类，就会产生很不一样的辈分关系。刚刚如故爷爷，又被败坏为孙子，辈分纷乱。
究其根底原因，是因为达尔文的“物种进化”是一个造作的模子。用达尔文的造作的“物种进化”念念想试图去链接生命的发祥、解释生命基因的大数据，就像盲东谈主摸象一样，永久也看不清。
大家都知谈乐高（LEGO）玩物，数百个相似的零件，不错根据拼装者的设想意图组合成许多不同的体式。每次拼装出的产物都不错天地之别、霄壤之别，或是飞机，或是城堡等等，琳琅满目。那么这些飞机和城堡是否一定需要一个共同先人、不同拼装产物之间是否一定需要一个亲缘关系呢？在这一章节中，咱们将从多个层面进一步阐发这些问题。
四、“系统进化树”的致命劣势达尔文想象的“进化树”，试图描述一幅根底不存在的、生命从最简便的单细胞生物进化到东谈主类的画面。咱们在前边的章节照旧用精致的科学盘验左证，从生物学盘考的不同层面、不同角度反复论证了一个物种不可能变化成另一个物种的这个铁律。也即是说，达尔文想象的“生命之树”，根底上是一棵莫得任何科学根据的、立不起来的“树”。
“系统发生树”或“系统发育树”（phylogenetic tree），原来是为了展示地球上不雅察到的生物的千般性、构建生物分类的基本器具，可用于千般生物物种之内的相似性分析。²³¹
疾苦的是，自达尔文时间以来，这个原来与“进化论”风牛马不相及的分析器具，也被达尔文进化假说体系告捷收编，成为一个被用来绘图达尔文想象的“进化树”的刚劲器具，被强行赋予“进化”的内涵，称号也频繁被误叫成“系统进化树”。
不少东谈主被貌似枝繁叶茂的“系统进化树”所诱骗，误合计当代分子生物学告捷地为进化假说找到无边左证。但殊不知，所谓的“系统进化树”的骨干跟“物种发祥”假说一样，是被主不雅猜度出来的，是一棵莫得根据的想象之树。
4.1 发慈祥变异生物分类学之父林奈（Carl von Linné， 1707—1778）1753年发表《植物种志》（Species Plantarum），以拉丁文的属名与种名，开启了生物分类的序章。
林奈将植物与其滋长环境的关系分为六种，并依照动物形骸的结构，将其区分为“哺乳类”“鸟类”“两栖类”“鱼类”“虫豸类”和“蠕形动物类”。这是最早的以形状、生理结构和生活习性为依据定名生物的古典分类法。后东谈主根据林奈发明的生物分类方法进一步去完善，把所有生物都按照界、门、纲、目、科、属、种进行分类。
这种分类法本人并莫得什么错，千般生物本来即是千姿百态、共同生活在地球上，这即是物种的生物千般性。
Phylogeny这个词源于德语的Phylogenie，是系统发育、系统发生的羡慕，早期的系统发育盘考主要建立在形状特征的基础上。然则，达尔文“进化论”的复旧者、德国生物学家恩斯特‧海克尔（Ernst Haeckel， 1834—1919）在1866年编造了一个根底不存在的“胚胎演化图”之后，团结年还画了一棵造作的“东谈主类系统进化树”，造作地给地球上的千般生物东谈主为地界说了一个共同先人，然后再按照想象的先后方法在一棵树上暗意出来。就像一棵大树，从一个骨干初始，束缚分化，一步一步长出枝条和树叶。²³²
就这样，“系统发生”的看法被强加上“进化”的内容，被利用来把达尔文“物种进化”假说的“生命之树”具象化，变成了一棵“系统进化树”，加强了达尔文的造作假说对东谈主的造作引导。
有句英文谚语说，一张图胜过万语千言（A picture is worth a thousand words）。好图用于传递真谛和引东谈主向善的信息，的确能起到纷乱的正面作用，然则，丹青这个刚劲的视觉器具，若是被利用来传递根底上子虚造作的信息，那么，一张图也坏过万语千言。
海克尔1866年绘图的造作的东谈主类系统进化树（The tree of life as seen by Haeckel in The Evolution of Man. By Ernst Haeckel – First version from en.wikipedia; description page was here. Later versions derived from this scan， from the American Philosophical Society Museum. Public Domain）
1966年德国生物学家威利‧亨尼格（Willi Hennig， 1913—1976）出书的《系统发育系统学》（Phylogenetic Systematics），成为系统生物学的基础。在这本书中，亨尼格坦率承认额外遑急的“排序”的任务是如何清贫和复杂。²³³
当东谈主们对物种的排序一筹莫展的时候，恰逢当代分子生物学的发展给东谈主们带来了无边新的基因数据。刚初始看到这些数据的东谈主，就像参加一个琳琅满贪图糖果商店，感到十分振作。振作之余，东谈主们就初始通过领受千般各样的基因数据和方法，组建千般各样的系统发生树。
东谈主们往常会根据不同物种基因的各别进程构建进化树。进化树的每个节点（Node）代表共同先人或导致物种分化的事件。树枝代表进化的分支，也称为演化支（clade），而树叶往常暗意一个具体的物种。建构进化树时，不错使用有根法（rooted）来找到假设的共同先人，或使用无根法（unrooted）无需假设共同先人。
刻下存在多种建构进化树的方法，包括相接法（Neighbor joining， NJ）、似然法（Likelihood）、从简法（Parsimony）和贝叶斯法（Bayesian）。由于数据或方法的限定，有时候可能出现一个节点分出多个演化支的情况。
需要小心的是，这只是对建构进化树经由的简要描摹，具体的方法和应用可能愈加复杂且千般。
1990年，好意思国微生物学家卡尔‧沃斯（Carl Woese， 1928—2012）、德国植物学家和微生物学家奥托‧坎德勒（Otto Kandler， 1920—2017）与好意思国微生物学家马克‧L‧惠利斯（Mark L. Wheelis）提议了一个由古细菌、细菌和真核生物三个系统组成的“生命之树”。²³⁴
自后，东谈主们根据生物体中平凡漫衍的核糖体RNA（rRNA）的小亚基16S(18S) rRNA的基因重建假设的生命进化树。²³⁵
由生物学家和数据库征战东谈主员等配合征战的、提供所假设的物种演化的在线资源TimeTree，第一版于2007年发布。
2015年TimeTree包含2，274篇发表的著作触及的50，632个物种，以螺旋的步地呈现²³⁶。同庚9月，发布了包含更多新物种数据的洞开生命之树²³⁷。2016年发布的一种新版块，纳入了更多的基因数据²³⁸。2022年，第五版发布，包含4，075篇已发表的著作触及到的137，306个物种，是迄今为止边界最大的版块。²³⁹
尽管“进化树”在整个发展经由中消费了宽绰科学职责者的时期和元气心灵，貌似越来越高贵壮大，但其实它根底上是造作的，存在着与生俱来的表面劣势。
4.2 想象的“节点”构建“系统发生树”的一个大前提是，假设一个物种和另一个物种之间存在“共同先人”。它是以现存的基因学左证或形状学左证推行畴昔发生的亲缘关系事件。
好意思国贝灵厄姆盘考所长处（Bellingham Research Institute， Bellingham， Washington）、阿勒格尼-辛格盘考所基因组科学中心基因组学和生物信息学兼职素质（Genomics and Bioinformatics at the Allegheny-Singer Research Institute’s Center for Genomic Sciences）、好意思国罗切斯特大学生物学名誉素质（Professor Emeritus of Biology， University of Rochester）巴里‧霍尔（Barry G. Hall）在2013年《分子生物学与进化》期刊上发表的对于如何构建系统发育树的携带性著作这样写谈：
“（作念）系统发育分析最基本的假设是，一棵树上的所有基因序列都是同源的，即来自一个共同的先人。不管是否同源，都会用这个假设来比对基因序列。所有系统树都会根据该对皆样子构建。然而，若是这些序列推行上不是来自共同先人，那么这棵树将毫恐怕旨，而且很可能会产生误导。”²⁴⁰（The most basic assumption of phylogenetic analysis is that all the sequences on a tree are homologous， that is， descended from a common ancestor. Alignment programs will align sequences， homologous or not. All tree-building programs will make a tree from that alignment. However， if the sequences are not actually descended from a common ancestor， the tree will be meaningless and may quite well be misleading. ）
也即是说，“系统进化树”上不同物种之间的亲缘关系都是想象出来的，也即是说，树的“节点”是想象的、捏造的、根底就不存在的，那些看似枝繁叶茂的参天大树整个都是捏造出来的，根底就无法赠送。
而且，刻下未发现不错用来印证不同物种之间存在“共同先人”的左证。考古学、地质学、分子生物学的无边左证标明，地球上的生命发祥不是像达尔文所描摹的那种单一、线性、漫长演化的模式，而且也莫得先后方法；违抗，地球上生命具有“屡次爆发→灭尽”的重迭轮回的特质。
好多科学盘考都不复旧物种演化假说，举例寒武纪倏得集中产生的20至35个不同门类生物的化石²⁴¹，《东谈主类进化》的DNA条形码快照盘考发现地球上十分之九的物种都是在团结个时期（10万到20万年前）出现的²⁴²，犹他州的峡谷国度公园出土的3亿年前脊椎骨骼遗骸的化石²⁴³，还有许许多多早在进化假说所假设的东谈主类出现之前的、更久远年代就照旧存在的东谈主类的脚印²⁴⁴，都组成了昭着的反对达尔文所猜度的“物种进化”的铁证。
是以，地球上的不同物种的产生，莫得时期上的先后关系，而是简直同期、平行产生的，根底就莫得共同先人，这些节点也根底不存在。所谓的参天大树是不存在的，推行上可能只是一个个矮小的“灌木”丛。
不同物种基因之间的联系性以及团结物种内的变异度可能是存在的，但这些都不成说明不同物种之间的“宏进化”，即不同节点之间的物种的提高。
4.3 捏造的“目次”由于系统进化树一定要把地球上琳琅满目的生物按照不同类别、假设的物种产生时期作念一个排序，就攀扯到分类的问题。
在传统分类当中，各个类群都有着比较知道的败坏特征。举例哺乳动物的特征包括胎生哺乳、有毛发、恒温等等，鸟类的特征包括有羽毛、具有喙、卵生等等。
但是，分类方法是一种东谈主为的产物，在品级分袂和定名上频频有相配强的主不雅性。
打个比方，咱们用电脑经管文献的时候，一个个的文献是客不雅个体，但是目次结构是东谈主为分袂的，每个目次内部摆放什么文献亦然东谈主定的。一个文献，既不错放到目次A中，也不错放到目次B中，也即是文献与文献之间的位置关系是东谈主定的。这近似于一个个物种是存在的，但是物种之间的亲缘关系是东谈主为想象的。
一些生物的奇特的结构和功能也带来许多深奥之谜，比如章鱼。
章鱼具有相配奇特的身体构造，它有3颗腹黑、8个腕足和极其复杂的大脑及神经系统²⁴⁵。章鱼有5亿个神经元，除了主要的中央大脑，章鱼的每条腕足都有一小群箝制指点的神经细胞，颠倒于还有8个寂然的迷你大脑²⁴⁶。
章鱼具有一些超凡脱俗的才能：不错贬责谜题、改变我方的体式和神采，致使裁剪我方的基因。与东谈主类的基因组比较，章鱼的卵白质编码基因多出了33，000个，而且简直每个卵白质编码基因中，都存在平凡的保守的腺苷到肌苷（A-to-I）mRNA裁剪位点。与之对比，东谈主类只消1%～3%的卵白质编码mRNA具有近似位点²⁴⁷。
更令东谈主不测的是，被归类到软体动物中的头足类的章鱼，在5亿年前就出当今地球上了。它的这种复杂而又特有的结构和功能让科学家十分困惑：在系统进化树的那边去摆放它的位置呢？这确实一个纷乱的难题。
刚直科学家倍感困惑的时候，2018年，英国白金汉大学天体生物学家、好意思国密歇根州生物物理中心的一批学者与来自澳洲的学者斗胆地在《生物物理学和分子生物学进展》（Progress in Biophysics and Molecular Biology）上发表论文提议，章鱼可能是寒武纪大爆发时，附着在彗星上降落在地球的生物。²⁴⁸
让科学家倍感困惑的奇特的章鱼(amretsunique/Shutterstock)
对于“章鱼到底是怎么来的”这个问题的谜底，咱们在背面的章节会不绝探讨，但是，科学家这个斗胆的猜度，其实反馈了东谈主们对地球上生物无比复杂、实在无法链接的一种斗胆念念索。至少这种念念维败坏了达尔文只把地球四肢一个紧闭的体系来看待的那种局促、单方面地解释生命发祥的模式。
其实每个物种是寂然存在的，物种之间被强加的进化关系，也即是被“系统进化树”捏造出来的“目次”旅途，根底就不存在。
4.4 拓扑学造作系统发育分析是一项复杂繁琐的任务，需要无边的数据处理²⁴⁹。举例，比较不同位点的测序分类群、处理缺失数据以及对所有位点的分析进行复制和比较。在系统进化树的分析经由中会出现不可幸免的拓扑学造作。
拓扑学是一门盘考空间体式和连结性质的数学学科，就像孩子们玩的“橡皮泥”，俗称“橡皮泥几何”。它主要关注的是物体的变形、拉伸和报复。不错把它想像成探索物体之间如何连结在整个的样子。
拓扑学的表面在进化树中得到应用。系统进化树的拓扑学造作不错用一个比方来解释，想像你要绘图一个家眷树，暗意家眷成员之间的支属关系。若是你在绘图家眷树时，造作地将某些东谈主归类在不正确的分支上，或者遗漏了某些东谈主的支属关系，那么这即是家眷树的拓扑造作。这个造作可能会导致家眷树不成准确地反馈真实的支属关系。
相似的，系统进化树的拓扑学造作指的是在建构生物进化关系的树状图时，出现了近似的造作，使得物种之间的关系图不准确，将不同物种之间造作连结或者造作地将某些物种归类在团结分支上。
早在1989年，享誉世界的好意思国国度科学院院士、好意思国遗传学会主席迈克尔‧林奇（Michael Lynch， 1951—）在《进化》（Evolution）期刊上发表著作指出：“进行亲缘树分析时可能出现好多问题。若是物种之间的不合只是由于当场漂移和突变引起，六个或更多物种之间距离的系统发育树简直老是包含拓扑造作。……进一步探求到物种之间束缚的采纳各别，将导致完全摈弃准确竖立的可能性，天然也包括系统发育树的分支点。”（Even with enormous amounts of data， phylogenetic trees fitted to the distances among six or more species will almost always contain topological errors if the mode of divergence has been random drift and mutation. ……Moreover， on closer consideration， it appears that the realization of the assumption of constant selection differentials between species would eliminate completely the possibility of identifying the branch points in a phylogeny.）²⁵⁰
简便转头，即使在最简便的中性突变的模子下，当通过输入种种数据来重建系统发生（生物进化）的关系时，当数据超越六个物种的时候，就照旧无法重建物种之间的系统发生（生物进化）关系了。
也即是说，简便的树只消稍稍大极少，六个或更多物种之间无法保证不出错，更不消说复杂的树的模子了。因为现存进化论模子无法派遣生物复杂性，好比物理学里的多体问题或量子力学里的测不准道理。上头的分析其实是推导出了分子生物学里的测不准道理。
然则为什么这样多的大数据依然无法建立起一棵通晓的系统进化树呢？
究其根底原因，是因为达尔文“物种进化”是造作的假说。用达尔文的造作的“物种进化”念念想试图去链接生命的发祥、解释生命基因的大数据，就像盲东谈主摸象，永久也无法获知大象的全貌；又像海中捞月，永久只然则幻想。
是以东谈主们在初始“竖立”时频频关注上涨，然则推行应用起来，频频是费事重重。比如越是行业内、边界内的精英东谈主士，越是心知肚明一件事──“系统进化树”有这样一个与生俱来的“拓扑”造作，径直含糊了这棵树的可行性。好多的竖立的著作，频频只是为了获取学位所走的过场，而并非为了获取什么委果的常识。这个劣势打中的是“进化树”的死穴，它是一棵根底不可能立起来的树，因为它必倒无疑。
五、自我矛盾的“系统进化树”当东谈主们刚刚赢得无边基因组数据的时候，喜出望外，以为找到了一个很好的用来描述“生命之树”的器具。然则经过一段时期的应用之后，东谈主们越来越发现，基因数据出现的格格不入的情况越来越多。
正如1998年好意思国《科学》期刊的科普作者伊丽莎白‧彭尼西（Elizabeth Pennisi）在《科学》期刊上发表的标题为“基因组数据撼动生命之树”的著作指出的那样：“这些基因数据给东谈主们带来的纷乱远远多于启发beautyleg 白丝。”²⁵¹
5.1 不同基因，不同收尾领先，进化论复旧者往常假设所有生物都发祥于一个先人，试图寻找在生物基因内部“进化上保守”（也即是往常平稳不变）的基因序列。而到底采纳哪个基因来构建“进化树”，可谓是一个“见仁见智”的问题。
好意思国分子遗传学家费尔德曼（Rorbert Feldman）接管彭尼西的采访时暗意：“用什么样的基因，就会得到什么样的进化位置。”²⁵²
举个例子，细菌盘考边界里，好意思国微生物学家和生物物理学家卡尔‧理查德‧沃斯（Carl Richard Woese， 1928—2012）提议来，根据细菌核糖体（Ribosome）的小亚基的保守身分16S rRNA基因序列来笃定细菌的相似度，以此来笃定不同细菌的亲缘关系。²⁵³
然则东谈主们自后发现，不同物种之间不光是垂直的传宗接代的关系，不同物种之间还存在不可念念议的基因水平转动（horizontal gene transfer），指生物将遗传物资传递给其它细胞而非其子代的经由的阵势，导致进化树的结构愈加纷乱。是以彭尼西在《科学》著作中还指出：“但新测序的微生物基因组以及与酵母等真核生物基因组的比较，使这一知道的图景变得纷乱，激发了对所有生命分类的怀疑。”²⁵⁴
5.2 纷乱的“家支”辈分另一个大问题是，相似的数据，领受不同的算法，会得到不同的系统发生树的收尾。终末频繁是“公说公有理、婆说婆有理”，形成耐久争论。
大家都熟悉族谱，在族谱里，团结生代的东谈主被放在团结水平位置上，伯仲姊妹是一代，父母是一代，祖父母是一代。
在系统进化树中，若是用不同的基因或不同的分类方法，可能出现很不一样的辈分关系。
一个典型的例子是学术界对裸子植物亲缘关系的争论，淆乱近30年却仍未有定论。裸子植物可分为苏铁、银杏、柏类、松类和买麻藤类，与被子植物整个组成种子植物。畴昔的不雅点合计买麻藤与被子植物亲缘较近，但基于DNA盘考的演化生物学已推翻了这一不雅点。当今有多个猜度，其中一片合计买麻藤与松类最附进，另一片合计买麻藤与柏类最附进，还有一片合计买麻藤是其它裸子植物的姊妹群，还有另一片合计买麻藤是其它种子植物的姊妹群。²⁵⁵
收尾出现了不同不雅点的东谈主各执一词、谁也劝服不了谁的状态，五种不同的“进化树”同期共存。每一种进化树中，不同种的植物所处的辈分，一刹是孙子、一刹是爷爷，就好比团结个东谈主在一个家眷内部，用一种方法分析是爷爷辈的，用另一种方法分析又被败坏为孙子辈，确实让东谈主啼笑皆非。
与之近似，山雀的谱系亦然五花八门。诚然将多个基因视为单个进化单元是一个很诱东谈主的假设，但许多问题可能导致出现完全不同的系统进化树。²⁵⁶
5.3 “以不变应万变”的糊口伎俩“进化论”复旧者在构建“进化树”的经由中，为了纤悉无遗而填补缺陷，去解释达尔文提议的原版、线性、单一的“进化论”所无法解释的阵势，有贪图地引入了平行进化（parallel evolution）²⁵⁷、发散进化（divergent evolution）²⁵⁸、趋同进化（convergent evolution）²⁵⁹等等新看法，束缚延伸原版进化论所涵盖不了的“进化”模式。
比如，为了解释为什么章鱼的眼睛具有与东谈主的眼睛疏导的复杂结构，就提议了所谓“平行进化”；再比如为了解释为什么狗和狼的共同先人能分别进化出狗和狼这样不同的物种，就提议了所谓“发散进化”。
然则，殊不知，这些被设想出来的进化新模式，早照旧败坏了原版达尔文的框架，原版的“进化假说”照旧悄然无声嬗变为一个奇奇怪怪的表面体系。而进化论复旧者不管生物如何鬼出神入，有一个中心念念想是不朽不变的，那即是永久都要在“进化”的框子内部演变，永久都将其归入“进化树”的形形色色的变化模式之中。
这即是“系统进化树”为了派遣千般难题和困扰所采纳的“以不变应万变”的糊口伎俩。
六、格格不入的“分子钟”在竖立的经由中，东谈主们往常会用到分子钟（Molecular clock）时刻，分子钟也叫基因钟、演化钟，也即是根据某些基因的突变率推断两个或多个生物在演化历史上分离的时期，因此，国产儿子干妈妈分子钟已成为系统进化分析的遑急组成部分和遑急器具。²⁶⁰
频繁被用来判定生物亲缘关系遐迩的卵白质的基因有：细胞色素C、组卵白、血红卵白和纤维卵白肽等。根据不同的卵白质来贪图，会有一个不同的分子时钟。
举例，细胞色素C（Cytochrome C）位于细胞内的线粒体之中，是生物氧化经由中的电子传递体。其作用道理为在酶存在的情况下，对组织的氧化、规复有赶紧的酶促作用。进化论学者往常合计细胞色素C是一种进化上保守的分子，是以它频繁被用来分析生物之间的亲缘关系。
微生物学家迈克尔‧谈顿（Michael Denton）博士在《进化论：堕入危险的表面》（Evolution: A Theory in Crisis）中指出²⁶¹：
“东谈主和鲤鱼的血红卵白序列收支50%，细胞色素C仅收支13%。若是进化假说是正确的，血红卵白分子钟在以比细胞色素C更快的速率‘进化’。也即是说，有两种以不同速率滴答作响的分子钟。
“不仅如斯，由于罕有百个不同的卵白质家眷，每个家眷都线路出其特有的种间变异进程，有些大于血红卵白，有些远小于细胞色素，因此不单是是两个时钟，而是数百个卵白质家眷，每个家眷都被视为以其特有且高度特异性的速率运行。”
毫无疑问，不同卵白质的不同“进化速率”照旧成为东谈主们描述“系统进化树”一个不可逾越的分子壁垒。因此，分子钟自初度使用以来的几十年间，从最早的、简便的同速模子，照旧变得越来越复杂，建立模子和方法也越来越复杂。采纳什么样的分子钟模子来竖立，毫不是一项简便的任务。²⁶²
问题的复杂性不单是如斯，使用任何一种所谓的“进化上保守”的卵白质分子来构建“系统进化树”，都会出现与之前按照“进化论”所假设的前提相矛盾的收尾。
谈顿还指出：“尽管细胞色素C序列在不同的陆生脊椎动物中有所不同，但它们与鱼类的序列是等距的。在分子水平上，莫得鱼类→两栖动物→爬行动物→哺乳动物的进化轨迹。因此，传统上一直被合计介于鱼类和其它陆生脊椎动物之间的两栖动物，在分子方面与鱼类的距离与任何爬行动物或哺乳动物的距离一样远！对于那些熟悉脊椎动物进化的东谈主来说，这个收尾如实令东谈主吃惊。”²⁶³
莫得迹象标明，被进化论合计的“高级”生物比“低等”生物“进化”得更多。
原核生物细菌的细胞色素C的氨基酸序列，与酵母、小麦、蚕蛾、鸽子和马等真核生物，都具有接近的相似度（64%～69%）。脊椎动物如七鳃鳗、鲤鱼、乌龟、鸽子和马的细胞色素C序列，与无脊椎动物蚕蛾的细胞色素C各别进程都附进（27%～30%）。比较鲤鱼和牛蛙、海龟、鸡、兔、马的细胞色素C，其各别均为13%～14%。
也即是说，莫得中间过渡类型的细胞色素C，这极少，与第一章提到的莫得中间过渡物种近似，再一次含糊了达尔文所提议的物种从低到高逐渐进化的造作假设。
这些分析标明，若是进化树的看法是存在的，而且细胞色素C基因的变化不错代表整个基因组的变化的话，应该出现从圆口纲脊椎动物→鱼→两栖动物→爬行动物→哺乳动物或鸟按照进化关系遐迩成比例的细胞色素C基因的各别，但是并莫得这些左证，反而说明了千般物种的产生应该是倏得爆发的，基本是平级的关系，就像线粒体DNA条形码盘考分析的收尾那样。
总之，不管用哪一个“分子钟”，都会出现与“进化假说”表面发生矛盾的收尾，不成纤悉无遗。
也即是说，即使用“进化树”“分子钟”的表面来贪图，如故推导出与“进化树”格格不入的收尾，有劲地说明了这个所谓的表面体系根底即是错的。
七、基因的未解之谜除了上述的局限性，刻下所领受的基因都是编码卵白质的基因，而其实生物体内还有无边的非编码基因，这些基因在“系统进化树”中的位置，致使根底莫得体现出来。
7.1 基因里的“黑匣子”东谈主们也曾合计，东谈主类的98%的基因都是由毫恐怕旨的非编码、无功能的DNA组成的，又被称为“垃圾”DNA。最近的发现标明，这与事实相去甚远。²⁶⁴
东谈主类基因组有简短20，000个卵白质编码基因，其中包含制造构建、珍爱和竖立咱们身体所需的特定卵白质的指示。这些基因仅占咱们基因组的2%，耐久以来，咱们DNA的其余98%被合计是“垃圾”。然而，在畴昔十年中，盘考东谈主员越来越多地使用全基因组测序和其它“组学”时刻，对非编码区域有了重新坚定。
基因使用三碱基密码来指定将形成特定卵白质的氨基酸序列。编码卵白质的DNA密码不是径直读取的，领先细胞会在一种相配相似的RNA分子中制作一个拷贝，这个经由称为转录。RNA包含编码卵白质的外显子区域以及被称为内含子的非编码区域。
然后，内含子被移除，外显子被“拼接”在整个形成mRNA（信使RNA），这需要剪接体（spliceosome）的精密箝制，在正确的位置将内含子切掉并将外显子连结在整个。这必须是在正确的主张和位置，若是外显子连错一个核苷酸，就会产生纷乱的各别。终末，被剪接后的RNA分子在核糖体的匡助下，被解码合成卵白质。
若是进化论是正确的，天然采纳为什么会让那些被合计是垃圾的98%的基因存留住来？为什么生物会进化出如斯精密复杂的内含子序列，还有如斯复杂的剪切方法才能拼接出DNA中的有编码的区域？这个经由似乎奢靡了无边的时期。
合计内含子毋庸的坚定，其实是无理的。东谈主们不知其功能，并不虞味着内含子没功能。
这种非编码DNA已被发现存许多用途，有充分的左证标明，它作为用心设想的遗传信息集聚的一部分，具有遑急作用。举例对举座基因组结构和功能进行调控。一些被称为microRNA（miRNA）的非编码RNA不错休养其它基因编码的卵白质的产生，何况在东谈主类、小鼠和斑马鱼体内的功能简直疏导。是以，把它四肢垃圾DNA，是造作的。
7.2 蕨类植物撼动进化树根据“进化树”的假说，进化树上较早出现的物种和较晚期才出现的物种比较，遗传物资应该愈加简便、数目应该更少。然则东谈主类有23对染色体，鸟类往常有40对染色体，更令东谈主骇怪的是，发祥于相配久远年代的一种小小的蕨类植物，竟然领有现存地球生物中最多的染色体──720对。水蕨的基因组具有123亿个碱基，是东谈主类基因组的3.8倍多²⁶⁵。
若是进化假说成立的话，生命应该由简便向复杂进化，为什么古代的生物会有这样多的染色体，而地球上具备最高级灵巧的生物──东谈主类，所领有的染色体和基因数目还不如古代的一栽种物呢？外在简便、基因却如斯复杂的蕨类植物，明显无法用进化假说来解释。
难怪分子遗传学家罗伯特‧费尔德曼（Robert Feldman）合计：“我合计‘生命之树’的这三大区域（古细菌、细菌和真核生物）是否会站得住脚，是一个悬而未决的问题。”²⁶⁶
是以达尔文进化假说根底无法解释物种在基因上的纷乱各别；而物种基因的各别，更无法推出达尔文所假设的亲缘关系。达尔文进化假说再一次被说明是造作的。
进化树是根底就不存在的“想象之树”，分子钟亦然根底不存在的“想象之钟”。
因为进化论耐久的影响，东谈主们已风尚被灌注“系统进化树”所描摹的生物发祥假说，这样的念念维模式已深切东谈主心。若含糊了系统发生树这样的表面，可能会让许多东谈主难以接管，额外是在分子生物学边界职责的东谈主，他们会说：“咱们每天都在进行基因测序和分析基因突变的联系盘考。若是一下子莫得了系统发生树，那么一切物种又是从那边来的呢？咱们又该干什么呢？”
其实，所有事物都有发祥，就像世界也有其诞生经由一样，万物也都有一个发慈祥建立的经由。大家都知谈乐高（LEGO）玩物，数百个相似的零件，不错根据拼装者的设想意图组合成许多不同的体式，每次拼装出的产物都不错天地之别、霄壤之别，或是飞机，或是城堡等等，琳琅满目。
那么这些飞机和城堡是否一定需要一个共同先人、不同拼装产物之间是否一定需要一个亲缘关系呢？推行上，进化论发祥于无神论的念念考样子，只是基于对物资世界的名义不雅察，并套用了造作的表面和分析方法，得出了造作的论断的同期，使东谈主加深了对无神论的盲目跪拜、松手了对生命的精神和灵魂层面的探索。
既然咱们照旧发现乘坐的是一艘缺陷百出的破船，何不干脆松手、另外找一个更安全巩固的船舶奏凯到达贪图地？莫得了“系统进化树”、莫得了进化论，地球照样运转，物种照样高贵。放下了粗重念念想镣铐的东谈主，可能更有时期、更有契机来深切念念考生命阵势的骨子，探索生命和大千世界的神秘。在接下来的章节中，咱们将从更多层濒临此进一步阐发。
八、含糊进化假说的十三个重点不管从表面到实验、从宏不雅到微不雅、从历史到当代、从细胞到分子、从传统和当代生物学的角度，不管何时何地、用何种方法透视进化假说，东谈主们都莫得找到任何复旧进化假说的左证；违抗，底下十三个方面的造作，足以含糊进化论，转头如下：
第一，以偏概全：达尔文一初始就犯了基本逻辑造作，用种内变异（后被称为“微进化”）的例子造作地推导出种间进化（后被称为“广进化”）的论断。
第二，沾污看法：用“微进化”狡兔三窟、恶浊其与“宏进化”之间的纷乱各别，达到沾污视听的效果。
第三，验证失败：科学家作念了千般各样的实验，包括米勒烧瓶实验、乔伊斯等作念的RNA实验和兰斯基的大肠杆菌实验，试图验证进化假说，收尾都以失败告终。
第四，违反天然规则：亘古不变的“活化石”和“东谈主工育种”不产生新物种等基本科学事实，都说明环境不成改变物种。达尔文的进化念念想违反了天然界物种保持平稳的铁律。
第五，东谈主不是山公变的：山公和东谈主之间，从生物学、基因、卵白质、社会学和念念想行为方面来看都各别纷乱，骨子完全不同；莫得化石说明东谈主猿先祖的存在，莫得任何左证能说明或推导出山公可能进化成东谈主。
第六，不是“逐渐演化”而是“倏得爆发”：莫得一块化石能说明进化假说，寒武纪化石和线粒体DNA盘考教唆地球上的生命是以大爆发的步地产生的；地球上的生命不是单一线性逐渐演化，更可能是屡次爆发→灭尽的重迭轮回。
第七，不是“天然采纳”而是“特意设想”：长颈鹿的脖子为什么这样长？“进化论”所解释的食品清寒和性采纳假说都是望文生义的天方夜谭；达尔文在《物种发祥》中坦率承认“若是以为眼睛是不错通过进化形成的，那就确实荒唐到颠倒”。
第八，看似“结构退化”其实“大有效处”：东谈主体功能十分复杂精妙，不是东谈主眼所看到的大小结构反馈出来的，结构不成代表功能，结构变小不代表功能上变弱，举例切除扁桃体可能会增多感染、肺病等发病风险；松果体诚然萎缩，但对内分泌、神经、视觉、生殖和免疫都阐述着遑急作用；胸腺诚然萎缩，却还具备休养内分泌、神经和寿命的功能。
偷拍第九，不是“狞恶竞争”而是“共生互惠”：尽管在天然界中也存在竞争和求生的压力，但达尔文错在把它皆备化、颠倒化地描摹成为一种规则，用这种仗强欺弱、狞恶竞争的冷情关系，界说天然生物之间的基本关系，以此作为“物种进化”的能源，而其实，天然界生物之间大约平稳高贵下去的基本关系是“共生互惠”，共生互惠的基本关系有助于守护物种的千般性和生态的平稳性。生物界中“共生互惠”的例子俯拾皆是，已有科学实验说明老鼠和猩猩都自觉地匡助弱势同伴，何况有感性、有谈德的东谈主？有些东谈主把基因说成是“自利”的，但基因本人并莫得谈德或善恶的看法，东谈主作为有感性息兵德的生物，不错自觉地追求谈德和和善。
第十，不是“科学事实”而是“骗取作秀”：在博物馆、科学论文、教科书中，后东谈主为了复旧进化假说而编造出来的假左证比比皆是。德国海克尔编造的“胚胎重演论”“皮尔敦猿东谈主”被BBC称为英国史上最大的科学骗局，所谓的“内布拉斯加须眉”原来是猪。
第十一，生命的复杂高效含糊“进化”：生物系统、细胞极为复杂，且不错高效运作，皆备不可简化。且不说让达尔文感到颠簸的眼睛，真核细胞就像一个开首进的札记本电脑，肝脏细胞就像东谈主体的生化工场，细菌鞭毛号称高效精密的分子马达，东谈主体的免疫系统像是一个灵巧奇妙的海陆空防御系统，神经系统像是一个复杂精妙的信息接收处理系统，这些都完全无法用进化假说进行解释。
第十二，基因与“进化”以火去蛾中：无边基因盘考的当代成果毫无疑义地说明大部分基因突变其实是“无益”的，生命主旋律不是“进化”，而是“退化”。中性学说从根底上动摇了天然采纳假说，也即是某个基因能不成被保留住来，不是靠环境采纳，而是靠某种不可知的“气运”；“定向突变”也对达尔文进化假说体系的“当场突变”表面形成纷乱挑战。
第十三，“系统发生树”是莫得根据的想象之树：树上的“节点”是想象的，生物界不同物种之间的亲缘关系是想象的；在系统进化树的分析中会出现不可幸免的拓扑学造作。用达尔文造作的“物种进化”念念想试图去链接生命的发祥、解释生命基因的大数据，就像盲东谈主摸象，永久也无法获知大象的全貌，又像海中捞月，永久只然则幻想。
初始拿到基因数据的科学家喜出望外，然则难题纷沓而来：到底选哪个基因？相似数据，用不同的方法分类，会产生很不一样的辈分关系。刚刚如故爷爷，又被败坏为孙子，辈分纷乱；不同速率滴答作响的分子钟也让东谈主没衷一是，不管用哪个分子钟，都能推导出格格不入的收尾，这极少足以说明“进化树”是一个完全造作的表面体系；基因里的“黑匣子”非编码DNA，更是让科学家无从下手；一种小小的蕨类植物，尽然领有地球生物中最多的染色体，这也足以撼动进化树。
一言以蔽之，进化假说莫得任何科学凭据，骨子上违反基本科学精神、违反科学道理。进化假说是伪科学。
含糊进化假说的十三个重点（大纪元）
九、千名科学家质疑“20世纪最大的迷信”
从1859年达尔文的《物种发祥》问世以来，束缚受到天放学、物理学、生物学等多学科和新发现的挑战。达尔文的进化假说与事实之间有好多矛盾。跟着时期的推移和盘考的深切，这些矛盾变得愈加敏感、不可调处。
分子生物学家、医学博士谈顿（Michael Denton）在1985年出书的《进化论：堕入危险的表面》（Evolution: A Theory in Crisis）一书中称达尔文进化假说是“20世纪最大的迷信”。²⁶⁷
2001年好意思国一群优秀科学家创立了好意思国智库发现盘考所（Discovery Institute），他们在发起的“对达尔文主义进化假说的科学质疑”宣言中写谈²⁶⁸：“咱们质疑达尔文声称的用生物当场突变和天然采纳论来解释复杂的生命，咱们饱读吹（东谈主们）严慎练习达尔文表面存在的左证。”
宣言联署者来自好意思国、英国、日本、俄国、以色列、香港、捷克、匈牙利、印度、尼日利亚、波兰等多个国度和地区，是从事进化生物学、生物学、化学和其它天然科学盘考的海外驰名素质、博士、科学院院士等。他们中有些在海外驰名大学从事科研职责，如英国剑桥大学、好意思国哈佛大学、耶鲁大学、哥伦比亚大学、斯坦福大学、加州大学、康奈尔大学、普林斯顿大学、布朗大学、宾夕法尼亚大学等。
联署者还包括多名曾得到诺贝尔奖提名的科学家，如进化生物学家士丹利‧萨尓斯（Stanley Salthe）、乔治亚大学量子化学家亨利‧舍费尔（Henry Schaefer）、俄罗斯天然科学院胚胎学家利瓦伊‧比洛斯夫（Lev Beloussov）和好意思国科学促进会盘考员赖尓‧詹森（Lyle Jensen）。
“发现盘考所”的网站上写谈：“这是科学家对于他们──对与新达尔文主义关联的科学左证的评估以及对当代达尔文表面左证有仔细审查的必要性──赐与信托的专科声明。”“达尔文主义的科学异议声明是为了改革大家记载，标明有科学家复旧公开审查与当代达尔文表面关联的左证，并质疑新达尔文主义能否解释天然世界的复杂性和千般性。”
为止2020年4月，照旧有化学、生物学、医学、物理学、地质学、东谈主类学、古生物学、统计学颠倒它边界的一千一百多名科学家和盘考东谈主员签署了这份针对达尔文进化假说的质疑宣言。
2018年，印度东谈主力资源发展部部长萨蒂亚帕尔‧辛格（Satyapal Singh）合计达尔文表面“从科学上来说是造作的”，因为莫得“看到任何一只猴变东谈主”，并敦促将达尔文进化论从学校课程中删掉²⁶⁹。印度新德里的一些学校照旧松手素质达尔文的进化假说²⁷⁰。
十、为什么进化假说一直接续于今？尽管科学家们发现进化假说是一个缺陷百出的学说，为什么它在科学界仍然占据主导地位、骗取世界一百多年？其华夏因宽绰。
领先，科学界具有的念念维惯性。当代科学的发展往常是以前东谈主的盘考为基础，收受其成果，往常不太会澈底扬弃或推翻之前的盘考。因为表面学说的惯性，一些原有表面体系的内容照旧被发现是错的，但因为其中有些不雅点看上去似乎也有一定道理，学术界如故把它作为一种盘考或不雅点保留，不澈底推翻。科学界的念念维惯性一般都不肯意跳出原来的念念维框架去澈底反念念。
第二，进化假说单方面合计东谈主是物资结构的组合体，冷漠了东谈主的能量和精神脾气，此后者才是东谈主更骨子的属性。停留在单纯的物资层面上探索生命发祥，不可能捏其骨子、看到真相，只可被进化假说越绕越隐晦。这极少会在第四、五章详备讲演。
第三，未经说明的进化假说，照旧堂王冠冕地参加学校课堂被鼎力宣讲。质疑“进化假说”的科学发现被误解，质疑的著作被延误发表，质疑“进化假说”的科学家被打压。这种学术不雅点的排他性左右，推行上对东谈主们起到了某种进程的洗脑作用，形成越来越多的危害、形成恶性轮回而不成自拔。这极少会在第六章详备讲演。
第四，以分析型念念维为主的当代实证科学，试图寻找一种和传统文化不同致使对立的对生命发祥的解释。这种从未确认的假说却被延伸到了社会科学和东谈主文科学中，形成的效果远远超出身物学边界。进化假说的糊口竞争逻辑一朝诈欺于社会履行，就糟蹋了东谈主类谈德的根基，使东谈主类弃世以致腐化。这极少会在第七章详备讲演。
第五，19世纪宗教式微后，东谈主类社会出现信仰危险，加上工业转变后科学时刻郁勃发展、东谈主类出产力大增、机械成为帮衬，进化假说是在这样的布景下产生的。就如青少年参加扞拒期一样，东谈主们容易扬弃传统的价值不雅，寻求新奇和扞拒的学说。
前边的第一章，咱们为大家疏理了进化假说的逻辑造作、含糊进化论的实验数据和科学事实；第二章是毁灭进化假说的基本迷念念；第三章深切解读了含糊进化假说的当代分子生物学盘考成果。
基于前边三章的无边科学盘考和试验说明，进化假说照旧被澈底含糊了。它致使连假说都谈不上，更应该从教科书中被删除。那么，东谈主的生命到底是怎么来的，咱们鄙人面的章节将不绝探讨。待续。
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《透视“进化论”》写稿组
点阅【透视“进化论”】系列著作。 【序论，第一章：进化论是未经确认的假说（上），第一章：进化论是未经确认的假说（下），第二章：毁灭进化假说的经典迷念念（上），第二章：毁灭进化假说的经典迷念念（中）第二章：毁灭进化假说的经典迷念念（下），第三章：分子生物学含糊进化假说（上）第三章：分子生物学含糊进化假说（中）】
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